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生物医学工程学科课程包括理论教学和实践教学环节，前者包括通识教育课程、学科基础教育课程以及专业教育课程，后者包括集中性实践教学环节和独立设课实验环节，学时学分分配表如下：

核心课程：电路分析基础、解剖生理学、模拟电子技术、数字电子技术、信号与系统、数字信号处理、医学信号处理、医学成像技术、医学图像处理、微机与嵌入式系统、生物医学传感器与检测、大规模集成电路设计、医学电子仪器。

主要实践教学环节（含主要专业实验）：解剖生理学实验、大学物理实验、程序设计实验、电子技术实验、电路与分析实验、信号处理实验、医学图像处理实验、医学成像技术实验、微机与嵌入式系统实验、医学电子仪器实验、大规模集成电路实验等，以及创新系列实践、军训、金工实习、电子工艺实习、程序设计实践、医学电子线路设计与实践、医学信息处理实践、医学仪器设计与实训、医学信息系统综合设计与实践等课程设计、毕业实习、毕业设计等。